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Episode 1 : The ennemy walks in / Ennemie intime

La mère de Sydney est donc vivante et menace Sydney. Cette dernière arrive à s'échapper et part à la recherche de Vaughn. Dixon révèle ces soupçons à Sloane. L'article de Will a été publié et Francie se demande où il a disparu... Sydney est maintenant suspectée d'être agent double par le SD-6...

Episode 2 : Trust me / Confiance aveugle

La mère de Sydney est transférée dans un bâtiment du FBI. Sydney part à la recherche d'un disque contenant de nombreux documents de sa mère. Sloane est maintenant un partenaire à part entière de l'alliance des douze. Will apprend que Francie a eu une discussion avec un homme dont les affiliations sont questionables.

Episode 3 : Cipher / Code secret

Sydney doit retrouver une boite à musique appartenant à Rambaldi. Malheureusement son ennemi Sark est aussi sur la piste. Jack rencontre la mère de Sydney pour la première fois depuis 20 ans. Will rencontre enfin Vaughn qui lui propose une scéance d'hypnose. Sloane est hanté par la mort de sa femme.

Episode 4 : Dead Drop / Eaux troubles

Les rapport d'affaires de Sydney avec sa mère mènent Jack à prendre des mesures draconiennes pour assurer la sûreté de sa fille. Pendant ce temps Will est confronté à une femme mystérieuse qui pourrait ressusciter son histoire sur le SD-6. La révélation de Dixon au sujet des preuves de l'origine d'un appel téléphonique soupçonneux déstabilise Sloane.

Episode 5 : The indicator / Nouvelle génération

Sydney découvre un secret terrifiant alors qu'elle est envoyée sur une mission de dépistage d'une nouvelle génération d'armes. Pendant ce temps Vaughn suspecte Jack de vouloir faire couler la mère de Sydney. Sloane raconte enfin à Jack la vérité au sujet de la mort d'Emily. Will donne un coup de main à Francie lors de l'ouverture officielle de son restaurant.

Episode 6 : Salvation / Haute trahison

Jack fait un grand sacrifice quand la confiance de Sydney envers son père commence à disparaître. Pendant ce temps, Sydney et Vaughn ont pu avoir été exposés à un virus mortel lorsqu'ils étaient à Taïpei. Sloane toujours hanté par la mort d'Emily commence à mal tourner. Vaughn enrôle Will dans la recherche d'une affaire.

Episode 7 : The Counteragent / Dangeureuse alliance

Sydney se bat pour trouver un traitement pour Vaughn, dont la vie est en danger dû à sa rencontre avec la solution contenue dans la boule rouge de la "circonférence" à Taipei. Mais au lieu de trouver l'antidote, Sydney doit faire un deal avec Sark qui pourrait mettre en danger la vie de Sloane. Pendant ce temps, Will continue ses recherches pour Vaughn et découvre quelques incohérences inquiétantes impliquant des tests de Q.I. normalisés il y a 20 ans.

Episode 8 : Passage (part 1) / Double jeu 1

Sydney, Jack et Irina doivent mettre de côté leurs differences lors d'une mission, où ils seront une famille heureuse afin de saisir six ogives nucléaires d'une nation peu amicale. En attendant, Sloane annonce à un personnel soupçonneux que M. Sark travaillera avec le SD-6. Vaughn peut être forcé de licencier Will de son affectation pour les recherches de la C.I.A. Sloane est contacté par un groupe inconnu clamant qu'Emily est toujours en vie...

Episode 10: Passage (part 2) / Double jeu 2

Tout en continuant sur une mission pour prendre le controle de six ogives nucléaires, Sydney et Jack découvrent les limimtes des fidélités d'Irina quand elle rencontre Gerard Cuvee (Derek de Lint). En attendant, Sloane informe l'alliance qu'Emily est peut être encore vivante...

Episode 11 : The Abduction / Désigné coupable

Jack rencontre le chef de la contre-intelligence Ariana Kane (Faye Dunaway), qui est envoyée au SD-6 pour étudier les événements entourant la disparition d'Emily et pour découvrir qui essaye de faire du chantage à Sloane. Pendant ce temps, Marshall extrêmement nerveux est envoyé sur sa première mission avec Sydney en tant qu'associé. Vaughn programme un test de psychologie à Will à la C.I.A. Francie devient suspecte sur le comportement secret de Sydney et de Will.

Episode 12 - 1x12 : The box (part 1) / Jeux dangereux I

Lorsque des intrus font irruption dans les locaux du SD-6, Sydney et son père doivent travailler ensemble pour empêcher le groupe dirigé par McKenas Cole (interprété par Quentin Tarantino!) un ancien agent du SD-6 laissé pour mort lors d'une mission, d'obtenir ce qu'il est venu chercher. Dans le même temps, Will mesure les implications de son enquête sur les meurtres de Dany Hecht et d'Eloise Kurtz et craint pour son existence... A noter le fourgon (de McKenas Cole) "John Mc Tiernan" clin d'oeil de cet épisode au film piège de cristal.

Episode 13 - 1x13 : The box (part 2) / Jeux dangereux II

Vaughn désobéit aux ordres qu'il a reçu et essaye d'aider Sydney et Jack à empêcher la destruction des locaux du SD-6. Cole continu à torturer Sloane et recherche un objet dans le coffre du SD-6 lié à Rambaldi... Pendant ce temps Will décide de poursuivre son enquête sur le SD-6 et trouve un étrange dossier dans un coffre qu'ouvre la clé que la voix mystérieuse lui avait donné...

Episode 14 - 1x14 : The coup / Poker menteur

Comme le SD-6, le FLT a été attaqué et détruit par des membres d'une organisation inconnue, dont le chef se prénomme "le monsieur". Sydney et Dixon sont envoyés à Las Vegas pour placer un mouchard sur un agent du K-Direkorate qui pourrait les mener au "monsieur". Dans le même temps, Sydney découvre que Charlie trompe Francie,... Will poursuit son enquête sur le SD-6 et avec l'aide McNeill, essaye de récupérer un logiciel qui pourrait le conduire au SD-6...

Episode 15 - 1x15 : Page 47 / Page 47

Sydney a pour mission de récupérer le livre de Rambaldi. Mais après cette mission réussit, elle ne sait pas comment réagir lorsque Vaughn lui demande d'utiliser son amitié avec l'épouse de Sloane, Emily, pour avoir accès à cet ouvrage et récupérer une mystérieuse page 47...qui se trouve sous clef chez Sloane. Parallèlement, Will se retrouve de plus en danger en enquêtant sur le SD-6...

Episode 16 - 1x16 : Prophecy / La Prophétie

Sydney est testée pour que l'on découvre son lien avec un portrait vieux de 500 ans qui lui ressemble de façon inquiétante. Quelle est la prophétie que cache les croquis de Rambaldi ? Des photos prises par Sydney au Brésil pourraient bien être celles du "Monsieur". Après étude c'est un certain Khasinau un ancien de la mafia russe... L'Alliance des Douze, doit alors prendre une décision quant à l'attaque de cet homme...Sloane contacte l'un des membres de l'alliance et du SD-9 Edward Poole (Roger Moore).

Episode 17 - 1x17 : Q&A / Questions Réponses

Alors que le FBI retient et interroge Sydney sur ses liens avec une prophétie de Rambaldi, Vaughn et Jack doivent trouver une solution pour la disculper avant que sa couverture ne tombe et que le SD-6 apprenne ce qu'il se passe...

Episode 18 - 1x18 : Masquarade / Point faible

Alors qu'elle se trouve à Vienne sur la piste du "Monsieur" : Alexander Khasinau, Sydney rencontre son ancien petit ami, l'agent Noah Hicks, qui lui a brisé le cœur cinq ans plus tôt. Jack reçoit l'ordre de rencontrer la psy de la CIA, le Dr Barnett, pour l'aider à faire face à ce que sa femme soit toujours en vie. Quant à Will et Francie, ils commencent à se poser des questions sur les activités de Sydney après avoir découvert un billet d'avion d'Italie alors qu'elle devait être à Seattle...

Episode 19 - 1x19 : Snowman / Face cachée

Après s'être échappés du centre de Khasinau avec la database, Sydney et Noah échappent de justesse à d'autres gardes. De retour au SD-6, Noah est suspecté car il y a eu des transferts d'argent inexplicable sur ces comptes. Un mystérieux tueur au pic à glace répondant au nom de 'Liceberg" a été engagé par le K-direktorate pour se venger de Khasinau. Sydney arrive à avoir accès à une vidéo de sa mère après son accident. Sur ces archives, elle fait la découverte d'un homme qui lui semble très familier.. Jack bouleversé par les derniers événements se décide à parler au Dr. Barnett. De leur côté Francie et Will décident de questionner Sydney...

Episode 20 - 1x20 : The solution / Mauvaise posture

Noah étant mort tué par Sydney, celle-ci est déboussolée. Sydney trouve un moyen de piéger Khasinau en lui faisant croire qu'une deuxième solution de Rambaldi est en circulation. L'informateur de Will lui dit que son kidnappeur était Jack.... Quand à Emily elle semble savoir des choses sur le SD-6 ce qui va imposer à Sloane à prendre une des plus difficile décision de sa vie...

Episode 21 - 1x21 : Rendez-vous / Rendez-vous

L'échange à Denpasar de la fausse solution et des diamants tourne court et après une fusillade, Vaughn préfère abandonner Sark pour aider Sydney. Sark est maintenant aux mains du SD-6 et Sloane veut l'utiliser piéger Khasinau. Dixon suspecte de plus en plus Sydney. Will avec l'aide de Jack rappelle l'informateur et son enquête va l'emmener là où il n'aurait pas du aller...

Episode 22 - 1x22 : Almost thirty years / 57 minutes

Will n'a pas été tué, mais est fait prisonnier par Sark qui veut en savoir plus sur la " Circonférence". Sydney décide de mettre en place une mission de sauvetage. Quelle décision doit prendre Sloane vis à vis de sa femme ? Khasinau est-il le "Monsieur" ? Will va-t-il sortir vivant de toute cette aventure ? Dixon suspecte-t-il toujours Sydney ? Préparez-vous à un épisode édifiant qui clos la saison avec un cliffhanger absolument génial...To Be Continued...